Mirai Asahina-san, gadis berusia tiga belas tahun yang bersemangat dengan berbagai hal, pergi bersama boneka beruangnya, Mofurun, untuk menyelidiki benda misterius yang jatuh dari langit. Di sana, dia bertemu dengan seorang pesulap muda bernama Liko yang sedang mencari sesuatu yang dikenal sebagai Linkle Stone Emerald. Ketika pelayan gelap Dokuroxy datang mencari Linkle Stone Emerald, Mirai dan Liko bergandengan tangan dengan Mofurun dan berubah menjadi penyihir legendaris yang dikenal sebagai Pretty Cures untuk melawan mereka. Oleh karena itu, Mirai bergabung dengan Liko di Sekolah Sihir, di mana mereka harus belajar cara menggunakan sihir sambil juga melawan kaki tangan Dokuroxy.
